L'histoire débute en 4767 après Jésus Christ, 4000 années ont passé depuis que les hommes ont abandonné la terre. Shion Uzuki est la chercheuse en chef du projet KOS-MOS à bord de la flotte spatiale Woglinde. Cette dernière découvre l'existence d'un objet doré mystérieux appelé Zohar et fait aussi la connaissance de Kirichweisser, une realian à bord du vaisseau. C'est alors que des êtres surgissant de nulle part nommés Gnosis s'attaquent à l'escadrille. Après avoir été secouru par Kirichweisser alors que la bataille continue de faire rage, Shion se retrouve à nouveau dans une situation critique, ce qui déclenche le réveil de KOS-MOS, l'arme anti-Gnosis.