Takashi Natsume est capable de voir les yôkai dont les ayakashi (esprits surnaturels japonais) alors que son entourage ne les perçoit pas. Petit, il ne les appréciait pas particulièrement car les apparitions avaient tendance à le placer dans des situations embarrassantes, voire dangereuses et le conduisaient à des comportements que les humains normaux ne peuvent pas comprendre. Catégorisé comme « bizarre », l'orphelin est solitaire, rejeté par les autres enfants et passe de famille d'accueil en famille d'accueil. À la suite d'un énième déménagement, de nombreux yôkai se mettent à le pourchasser sans qu’il ne comprenne pourquoi. En tentant de fuir une attaque, il pénètre un jour dans un lieu sacré et libère par inadvertance Madara, un « chat » qui avait été piégé là. Cette rencontre amène Takashi à découvrir l'héritage de sa grand-mère Reiko, le « Livre des amis », un carnet contenant les noms de nombreux yôkai qui confère alors le pouvoir de contrôler ces derniers. Dépassant la peur et de l'incompréhension, takashi tisse des liens de respect et d'amitiés avec certains yôkai et se met en quête de « rendre » leur nom aux esprits piégés. Madara décide d'accompagner le garçon, en tant que sensei et garde du corps. Mais alors que pour une fois, Takashi sort de l'isolement et se lie avec sa famille d'accueil et ses camarades de classe, il découvre qu'il est parfois difficile d'entretenir conjointement des relations d'amitiés avec des yôkai et des humains…